Часть 2.

Вторая часть начинается немного странно, оторвано от событий, завершающих первую часть. Попервоначалу зритель может впасть в заблуждение и решить, будто его вниманию сейчас предлагают не продолжение, а альтернативу. До тех пор, пока на горизонте не появляется СиСи в окружении оставшихся на свободе остатков ордена чёрных рыцарей. Тогда мы начинаем понимать, что что-то тут не то.
На деле выясняется, что сам император Чарльз при личной встрече с непокорным сыном с помощью своего Гиасса переписал ему воспоминания, включая те, которые касались непосредственно Наннали. Так появился Ролло, согласно ложной памяти Лелуша, его родной брат, на самом деле ещё один Носитель Кода выполняющий роль наблюдателя. Ибо Лелушу были сохранены жизнь и свобода в надежде на то, что однажды он выведет на СиСи. Либо СиСи сама попытается вернуть Зеро.
Всё идёт кувырком, когда Лелуш отправляется вместе с Ролло в сомнительной славы развлекательный центр,  чтобы проверить силы в шахматной партии с известным любовью к азартным играм местным мафиози. Предприятие само по себе рисковое.
Там же появляется Карен Стэдтфилд, работающая под прикрытием в роли «девочки для развлечений», наряженной в костюм зайки. В её задачу входило найти Лелуша и доставить его в нынешнее убежище Чёрных рыцарей. 
Высадка команды захвата, осуществлённая самым неожиданным образом с дирижабля под видом рекламной акции, поднимает панику в развлекательном центре. Лелуш, Ролло и Карен, едва только успевшая подобраться к цели, оказываются отброшенными друг от друга и вынуждены прокладывать себе пути к выходу самостоятельно.
Во время блуждания на нижнем ярусе здания, Лелуш становится свидетелем работы британской службы зачистки. Едва не став одной из их многочисленных жертв, не без помощи подоспевшей на выручку СиСи, Зеро обретает прежнюю память.
Он вспоминает, что его прежний друг Куруруги Сузаку, обезоружив, доставил его на суд императора Чарльза. За ценную услугу Сузаку было величайше даровано звание Рыцаря Круглого Стола, которое до сего времени могли удостаиваться лишь лица благородного происхождения и коренные британцы. Он жаждет мести за украденную память и сестру.
Карен, узнавшая правду о Зеро в конце первого сезона, встречается с Лелушем и решается следовать за ним, несмотря на обман в прошлом.
Теперь Зеро вновь заявляет о себе миру и собирает вокруг себя остатки ордена Чёрных рыцарей, чтобы продолжить войну с Британской Империей. Они находят поддержку и покровительство в лице Китайской Федерации, благодаря контролю, установленному Лелушем при помощи Гиасса на одном из евнухов, представлявшим посольство этой страны в Зоне 11.
Понимая, что пока к нему приставлены соглядатаи, сложно будет исполнять сразу две роли, Лелуш решает перетащить кого сможет на свою сторону, а от остальных просто избавиться. По воле случая первым в его списке оказывается фальшивый брат Ролло.
Устроив не без помощи Гиасса в британской части токийского поселения панику, он тем самым выманивает наблюдателей, заставляя их раскрыться. Он узнаёт о Гиассе Ролло и его основной способности, связанной с Кодом. Узнаёт многое, о чём не знал раньше. И убеждает «брата» перейти на его сторону, пообещав то, чего лишён был сирота, воспитывавшийся членами тайного ордена Гиасса – семью.
С помощью Ролло он выходит на другую надзирательницу – аристократку Виолетту, приставленную к нему под видом преподавателя физкультуры. Её Лелуш заставляет работать на Зеро при помощи шантажа.
Не имея должной информации о том, откуда взялся новый лидер ордена Чёрных рыцарей и имеет ли он отношение к Лелушу, а также подозревая предательство, император Чарльз посылает в Зону 11 трёх своих рыцарей, включая Куруруги Сузаку. Последний должен выяснить, кто на самом деле стоит за новым восстанием, и, если выяснится, что Зеро – это Лелуш, его придётся уничтожить.
Сузаку возвращается в Академию Эшфорд, где пытается одновременно проверить Ролло и Виолетту на «вшивость» и проследить за бывшим товарищем.
Судьба преподносит Лелушу одно испытание за другим. Трагедии преследуют его и его близких. После гибели генерала новым губернатором назначается неожиданно для всех (почти для всех) принцесса Наннали, которую Лелуш считал похищенной против её воли, и никак не мог предположить увидеть её в статусе главного врага Зеро.
Но самое ужасное его ждало впереди.
Наннали, вопреки воле отца-императора, решает пойти путём принцессы Юфимии и воплотить в реальность её мечту о единой территории, свободной от национального и классового разделения, превращая в пыль все планы Зеро.
Лелуш погружается в пучину отчаяния. Его попытка похитить Наннали провалилась. На выручку новому губернатору приходят рыцари  Круглого Стола, в том числе и Сузаку, а сама Наннали при встрече с главным террористом Зоны 11 выказывает крайнюю принципиальность и готовность идти до конца во имя исполнения задуманного. Они пытаются понять, но не понимают друг друга, потому что один несёт разрушение, а другой стремится созидать.
Лишившись надежды воплотить в жизнь собственную мечту, Лелуш пытается найти забвение в дурмане рефрена. Карен останавливает его, напоминая о долге перед людьми, которые пошли за ним и доверили ему свои жизни. Гневной речью она приводит одноклассника в чувство. И благодаря её усилиям Зеро удаётся вернуть себе уверенность и решиться на новую ещё более масштабную, чем раньше, авантюру.
Наннали Британская обещала сохранить Зеро жизнь. Её советники, надзиратели, приставленные императором Чарльзом к дочери, потребовали взамен предать в руки правосудия соучастников – орден Чёрных рыцарей. Залогом свободы Зеро должна была стать свобода его подчинённых. По всей видимости, они надеялись, что повстанцы сами линчуют своего руководителя, когда узнают о предательстве. Либо же, Зеро, понимая, что ему грозит, вынужден будет отказаться от предложения.
Удивительно, но сделка состоялась.
Только вот вместо одного Зеро организаторы амнистии вдруг заполучили великое множество Зеро, одетых в один и тот же костюм и в одну и ту же маску. К сожалению, договор был уже скреплён. Орден Чёрных рыцарей благополучно отправлялся в изгнание в Китайскую Федерацию...
Однако на новой земле их ждали новые приключения. Китайская Федерация, управляемая официально маленькой принцессой, а по факту – советом евнухов, выполняющих при ней роль опекунов, планирует заключить союз с Британской Империей.
Евнухи уже получили свою долю за заключение брачного контракта. Со дня на день должна была состояться помолвка наследного британского принца Одиссея и китайской принцессы Тянь Цзи.
На церемонии бракосочетания Зеро неожиданно похищает юную принцессу, разрывая все прежние договорённости с советом евнухов. Его преследует Син Ке, доверенный телохранитель принцессы, не уступающий Карен и Сузаку в управлении найтмаром.
Орден Чёрных рыцарей, вместе с его руководителем и ценной заложницей загоняют в ловушку. А Карен берут в плен участвующие в операции по поимке преступников британцы.
Зеро придумал красивый выход из, казалось бы, безвыходного положения. Он по громкой связи разговорил евнухов на тему их отношения к народу Китайской Федерации, одновременно ретранслируя переговоры на всю страну. Моментально вспыхнул бунт, и власти евнухов-опекунов пришёл конец. Новым опекуном назначили Син Ке.
Планы Британской Империи присоединить Китайскую Федерацию к своим огромным владениям провалился. Более того, они приобрели в лице этой страны нового могущественного противника.
Всё то время, пока Лелуш находился на территории Китайской Федерации, в Академии Эшфорд его роль выполняла верная служанка Лампергов – Сайко. С возвращением настоящего Лелуша, между ним и Ширли Фенетт завязываются романтические отношения одностороннего характера. Единственное чувство, которое руководит «чёрным принцем», - это вина за убитого отца девушки. И вот к, попавшей под воздействие Подавителя Гиасса Джереми Готвальда, жаждавшего мести, Ширли вдруг возвращается память, некогда запечатанная Гиассом Лелуша. Она вспоминает, кто такой Зеро и то, что он – убийца отца. После душевной борьбы, Ширли находит в себе силы простить любимого. Однако пробуждение памяти оборачивается для девушки трагедией. Ролло, движимый то ли ревностью, то ли стремлением защитить названного брата от нежелательной помехи, без угрызений совести хладнокровно убивает её.
В это время сэр Джереми, по прозванию «Апельсин», исцелённый и обретший новую уникальную силу благодаря стараниям служителей Гиасса, начинает охоту на Зеро с целью уничтожить. Встречаясь с Лелушем, он вдруг понимает, что не может выполнить свою задачу, ибо его враг – сын его госпожи Марианны, которой он поклялся в верности. Сэр Джереми переходит на сторону Зеро и сообщает о местонахождении действующего Храма Гиасса, возглавляемого неким ВиВи, братом короля, похитившим во время Чёрного Восстания принцессу Наннали.
Лелуш, обнаружив умирающую Ширли и принимая её последние слова, в гневе и отчаянии приходит к выводу, что главное зло – Орден Гиасса. Он решает напасть на Храм с помощью Джереми, Ролло и своих рыцарей.
По приказу Зеро орден чёрных рыцарей вынужден ввязаться не в их битву, вырезая всех служителей Гиасса, включая маленьких Носителей Кода. Рыцари начинают сомневаться в том, что их лидер в здравом уме и стоит того, чтобы беспрекословно подчиняться его приказам.
Самого ВиВи захватить не удалось. Император Чарльз добрался до него раньше: забрал Код Гиасса и убил. СиСи заключает новый договор – с императором, меня абсолютный Гиасс на желанные смерть и забвение. Однако в самый последний момент Лелушу удаётся спасти союзницу. СиСи теряет память, но зато остаётся жива. Впрочем, она уже ничем не может помочь. Тогда как принц Шнайзель планирует раз и навсегда уничтожить орден Чёрных рыцарей. Зеро оказался перед фактом – новая война развязана, хочет он того или нет. Понимая, что с началом активных боевых действий, Наннали может серьёзно пострадать, Лелуш вынужден обратиться за помощью к единственному человеку, который может ему помочь, но у которого меньше, чем у кого-либо другого, причин сделать это – к Куруруги Сузаку. Прежние друзья, ныне враги, договариваются о встрече на нейтральной территории, обещая друг другу держать встречу в секрете от «своих».
Однако о встрече узнаёт принц Шнайзель, установивший слежку за Сузаку. И в момент, когда Лелуш признаётся в совершённых преступлениях, британские военные захватывают его в плен. Лелуш уверен, что его пленение произошло с ведома и по плану Сузаку. На этот раз Зеро удаётся сбежать благодаря стараниям сэра Гилфорда, личного рыцаря принцессы Корнеллии, который единожды попав под действие Гиасса обречён видеть во всяком подающем определённый сигнал, свою госпожу.
Нина Эйнштейн, без памяти любившая покойную принцессу Юфемию, в борьбе с Зеро создаёт уникальную боеголовку под названием «фрея», способную уничтожить всё живое в радиусе нескольких километров. Заручившись поддержкой Шнайзеля и ордена рыцарей Круглого Стола, она передаёт боеголовку Сузаку, чтобы тот использовал её в бою с Зеро.
Новая трагедия. При взрыве фреи уничтожается значительная часть поселения Токио – та самая, где находилась Наннали. Утратив всякую связь с сестрой, Лелуш едва ли не теряет рассудок от горя. Он уверен, что Наннали погибла при взрыве. Останавливая операцию вторжения на самой критически важной стадии и не желая более продолжать игру в восстание, Зеро покидает поле боя.
Тем временем, Шнайзель, заручившись всей необходимой информацией, полученной от журналиста Дитхарда и Огги с Виолеттой, прибывает в убежище ордена чёрных рыцарей, где раскрывает личность Зеро, а также главный секрет всех его успехов. Он рассказывает, какую роль сила Гиасса сыграла в истории Чёрного восстания.
Члены ордена Чёрных рыцарей разгневаны и обижены обманом. Чувствуя, что их просто использовали, они жаждут смерти Зеро. От расправы Лелуша спасает Ролло, используя Гиасс замедления биологических часов. От перенапряжения сам он погибает едва доставив своего выдуманного брата в безопасное место.
После этого, Лелуш отправляется в секретное место, похожее на древний запущенный храм, посвящённый Культу, где, как он думает, сможет найти ответы на все свои вопросы и, наконец, уничтожить Гиасс, принёсший ему столько страданий. Там, за запечатанной дверью он снова, как тогда, когда СиСи лишилась памяти, обнаруживает страшное и мощное устройство, под названием Сопряжение Рагнарёка, способное уничтожить «Бога».
Проникнув внутрь, Лелуш встречается лицом к лицу с собственным отцом и матерью, которую считал давно погибшей. Чарльз обрёл небывалое могущество. С новой силой он хочет ни много, ни мало изменить человеческую сущность, заставив всех людей на земле стать честнее и лучше, чем они были до сих пор. Иными словами – изменить сложившийся на земле миропорядок. Его затею поддерживает императрица Марианна, мать Лелуша и Наннали, которая долгое время при помощи Гиасса скрывала свой дух в теле Ани Ольстрем, одной из Рыцарей Круглого Стола.
Она явилась поддержать супруга, когда тот намеревался использовать Меч Акаши для полного подчинения и переустройства мира. Душа Марианны, покинув временно занимаемую ей физическую оболочку,  раскрыв сыну тайну своей гибели, тем самым в корне изменив его отношение к ней.
Лелуш отказывается поддержать родителей в их безумном плане перекроить мир по своему желанию. Воспользовавшись Гиассом, он разрушает Меч Акаши, тем самым уничтожая вместе с уникальным оружием Чарльза и Марианну. 
Сузаку, проникнувший вместе с СиСи в это таинственное место, становится свидетелем разговора. Он выбирает сторону Лелуша, несмотря на их прежнее противостояние, и обещает поддержать его ради спасения родины и друзей. Он даёт согласие на участие в безумном плане под названием Реквием по Зеро, в котором принцу Лелушу отводится роль тирана и узурпатора, а неизвестному герою в маске – роль спасителя человечества.
Их совместный план едва не потерпел крах, когда выяснилось, что Наннали на самом деле жива. Более того, подстрекаемая принцем Шнайзелем, она начинает войну против собственного родного брата, используя боевой корабль Дамокл, управляющий фреями. И она более не слепая, как выясняется позже, когда Сузаку и Лелуш захватывают военный корабль, на котором находятся Шнайзель и Наннали.
Лелуш провозглашает себя новым императором, подчинив весь королевский двор и ближайших родственников с помощью Гиасса своей воле. Захватывает мятежников из числа бывших чёрных рыцарей. А также руководителей союза стран Азии, сформированного по аналогии с Евросоюзом. Те, кто знал его ранее, либо недоумевают, либо начинают испытывать ненависть, считая мятежного принца лицемерным выскочкой, который обманул их доверие. Для большинства населения охваченной захватническими войнами земли Лелуш стал злодеем.
Именно этого он и добивался. Сделать так, чтобы вся боль, весь гнев, всё отчаяние мира сосредоточились на нём. Тогда как костюм и дело Зеро были переданы Сузаку.
В день торжеств, устраиваемых по случаю победы нового императора Лелуша Британского над силами сопротивления, вновь появляется герой в маске. Он играючи преодолевает все защитные заслоны и поражает тирана ударом меча в грудь.
Таким образом, смерть Лелуша служит окончанием кровопролитной вражды, объединяя в горести и радости вчерашних противников.